中西医世界观与方法论的不同，决定了在认识物质世界、研究方法和解决临床问题上存在差异。现就中西医在临床问题上的差异进行探讨。
诊断方法
中医将望闻问切四诊合参收集到的各种信息，通过象思维判断阴阳、正邪等情况，成本低、无创伤。西医通过检测仪器设备，寻找具体的直接“可见”的病因、病位等“靶点”，成本高，多有创伤。西医可实证（如病因、病位），对实证的内容可量化，而且必须量化才能为治疗决策提供更充分的依据；中医有些内容其实也可实证（如四诊所见），但对实证的内容难以量化。量化带来了前所未有的清晰，但也意味着离现实较远、不“中和”，而“中和”往往模糊。西医评价疾病时往往过度依赖各种指标，若患者自觉不舒服而指标正常，会被认为没病或精神心理有问题。
治疗理念
中医相信人体具有巨大的自我适应、调节、修复等抗病能力，重视恢复人体自身的抗病能力，认为治疗只是帮助人体恢复健康，把“人”看得很重。西医认为人体是由无数的“基本粒子”组成的，疾病必有“靶点”，靶向治疗的作用无所不能，把“病”看得很重。中医认为“万物同源”“同宗同祖”，万物并存而不相害，万道并行而不相悖，一切以“阴阳平衡”为上，仁心仁术，具有“包容性”。若有邪，也要扶正以祛邪，使用祛邪药物或方法，也以汗、吐、下等法将邪驱出体外即已。
西医治病必须找到相对应的靶点，然后对靶点进行治疗，以“抗”“杀”为主，具有“对抗性”（对抗靶点的同时难免也会对人体造成伤害）。从药物分类的名称就可以看出，如抗风湿药、抗高血压药、抗心律失常药、抗抑郁药、抗肿瘤药、抗生素等。如近期的新冠肺炎，西医很快就找到了病因为新型冠状病毒（靶点），但短期内还没有研发出疫苗和有效的抗病毒药物来解决“靶点”时，只能靠对症和支持疗法。而中医采用数千年来一贯的“扶正祛邪”治疗理念和方法，提高人体抗病能力与驱邪兼顾，重复了千百年来中医治疗疫病的不凡疗效。
治疗措施
中医在宏观层面上认识世界和人体，用天地都遵循的规律来保障人体健康，用生活中能接触到的事物作为治疗措施，即在自然界寻找治疗和保健措施，如药物、针灸、推拿、拔罐、外敷、刮痧、食疗、熏洗等，丰富多彩，而且很多措施是生活化的或者说可融入生活方式中，随时随地都可以进行。这些药物和措施尊重人体自身的完整性及与自然界的统一性，故作用温和，起效较慢，不良反应较少。
西医在微观层面上认识世界和人体，多数药物源于化学合成，其他治疗方法如手术、介入、放疗、电疗等也都离不开人造器械与设备，而医院内通过复杂的操作完成，费用高，难融入日常生活中。这些药物和措施有明确的靶向性，故往往作用较强，起效较快，不良反应较多，甚至会对自然生态造成破坏。
优势病种
人体和疾病都是复杂多维的。既有单“靶点”疾病，又有多“靶点”疾病或无明确“靶点”的疾病。西医主要对单靶点疾病优势明显，中医主要对多靶点、整体性、功能紊乱性疾病优势明显。
对有些疾病的不同阶段或不同方面，中西医也各有优势，如新冠肺炎中西医就各有优势阶段和方面。人体作为具有巨大自我适应、调节、修复等自愈能力的复杂巨系统，当其发生多靶点、整体性、功能紊乱性疾病时，采用不同的干预措施，只要是有益于其“自愈”能力恢复的，都会成为有效干预措施；对于单靶点疾病，靶向干预措施才能起效快，疗效高。中西医各有优势病种、优势阶段或优势方面。
疗效是检验真理的唯一标准。中西医都只是从不同角度认识到了人体的一部分，因此中西医疗效的较量可能是一个伪命题，中西医疗效评价标准甚至管理方法也会各不相同。
疾病预防
中医对人体的健康状况和某些疾病可以预测，可通过一系列治未病措施提前干预，如用五运六气来预测气候变化对人类健康的影响，“司岁备药”。“冬吃萝卜夏吃姜，不劳医生开药方”“要想小儿安，三分饥和寒”等说法，已将中医理念与预防保健方法融入了人们的生活和行为习惯中。中医理论看似深奥难懂，但方法“接地气”，或者说看似抽象，其实很具体。而西医在很多情况下，病未成则无从着手。
中西医从理论到诊疗都深深地打上了各自世界观和方法论的烙印。百年的中西医诊疗体验的对比，人们将“简便廉验”一词送给了中医，这是多么高的伦理学价值评价。这也说明医学的目的应该是单纯的，即保障人类健康。在市场背景下，应防止医学目的被异化，警惕某些项目或领域成为资本追逐的目标。偏离方向的医学难以客观对待至高无上的生命。
中西医差异的深度思考
中西医在物质层面、研究方法和解决临床问题上存在差异，其根源是世界观与方法论的差异，这也引出两个基本事实。①中西医各有其不可相互取代的临床价值，因为能解决现实问题的世界观或文化是其价值与合理性的根基。分别从不同维度认识这个复杂世界的元气论和原子论，其在医学领域的价值是“疗效”，即能解决临床问题。多年的临床实践表明，中西医各自的优势病种、阶段和方面，解决了人体不同维度的健康问题，其价值不能相互取代，这既是不同世界观的体现，又是不同世界观的根本价值所在。②中西医对人体的认知都很有限，因为中西医认识的都只是复杂多维人体中某一个维度中的内容，而且在自己的认知维度中都采用了使复杂问题简单化的研究方法，丢失了不少信息，所以，中西医对人体的认识都存在不少盲区。如：既是单靶点疾病又是全身性疾病的新冠肺炎，西医认为其病因（靶点）是新型冠状病毒，按西医逻辑，能抗该病毒的药物才会有效，否则就不会有效，而中医认为主要是湿邪犯肺，以清肺排毒汤等取得了肯定床疗效，但用西医的研究方法并未发现清肺排毒汤有明显抗病毒作用。中西医之间有很多内容无法相互解释，用一方的理论与方法去否定另一方十分轻松，其根源就是不同世界观和方法论面对复杂多维人体时形成的上述两个基本事实。
百年来想利用还原分析法使中医理论“科学化”“现代化”者，下了不少工夫，并未成功，再分析以上中西医在物质层面、研究方法和解决临床问题上存在差异的情况，应引发我们冷静下来认真思考背后的深层次原因。如西医若能进一步思考没有抗病毒作用的清肺排毒汤也有肯定疗效，是否通过提高人体的抗病能力或改变人体内环境使病毒无法生存或有其他辅助作用呢？按此思路研究下去，可能会在保持自身特点基础上