黑龙江大学和黑龙江中医药大学两所学校在黑龙江省内知名度都比较高，属于黑龙江省内知名高校。虽然两所学校都以文理兼收为主，但是两所学校的区别也比较大，黑龙江大学是一所综合性高校，而黑龙江中医药大学则是一所中医专类高校。
黑龙江中医药大学前身是年成立的黑龙江省中医进修学校，后来合并了黑龙江省内多所医学院校和研究所成立了黑龙江中医学院，从此开启了黑龙江中医药大学的新篇章。他的优势主要集中在中药方向，在中药学、药剂学、中药理论、中药史等方面实力突出，尤其是中药类血清药物、天然药物药效、中药质量分析等领域都属于硬核实力。
黑龙江中医药大学，在中药学方面实力突出，有其地理因素。国内中药一般分成两类，一类是南药，一类是北药，而北药中，极寒中草药占比较大，而黑龙江省这方面的资源最多，所以他在中药领域实力突出。国内任何维度的中药，其实都有同类院校互相替代，互相参研，维度极寒地区中药，只有黑龙江省独有，所以黑龙江中医药大学在这方面享受“独家”权力，自然成绩也要更多一些了。
黑龙江大学前身是哈尔滨外国学院，后来，以此为基础合并了多所学校和研究所建立了黑龙江大学，主要是为了培养建设黑龙江的人才，而建设黑龙江不仅仅需要文科人才，更需要工科人才，所以其又开展了工科建设，实力比较强，但是学校整体还是偏文科。整体来看，黑龙江大学的综合实力胜过黑龙江中医药大学，主要是因为黑龙江大学学科范围更广，学校规模更大，相对重视程度更高所致。